華南軍政長官公署由廣東綏靖公署改稱。廣東綏靖公署主任原爲宋子文，1949年1月18日行政院決定，宋子文專任廣東省主席，所兼廣東綏靖公署主任一職，由余漢謀擔任。2月19日任命徐景唐、吳奇偉、陳策、梁華盛爲副主任。7月21日任命李及蘭爲副主任。8月24日將廣東綏靖公署改爲華南軍政長官公署，以余漢謀爲軍政長官。轄廣東、廣西兩省，同年7月東南軍政長官公署成立後，海南島名義上歸其統轄，實際軍政事宜歸華南軍政長官公署節制。同年秋華中軍政長官公署自武漢經湖南撤退到廣西，廣西即歸華中軍政長官公署節制。華南軍政長官公署轄區只有廣東一省。10月中旬廣州解放，該長官公署遷到海南島，于同月底撤銷，所屬軍政人員歸海南島防衛總司令部指揮。

1949年3月廣東綏靖公署轄第三十九、第一〇九、第六十二、第六十三、第六十四軍以及廣東省保安部隊所組建的5個師和海軍第四軍區司令部等部。6月第二十一兵團自青島撤退至粵，隸屬該綏靖公署。10月中旬，廣州解放，所轄一部被殲，一部撤到海南島。

華南軍政長官 余漢謀，廣東高要人，保定陸軍軍官學校第六期畢業，粵軍陳濟棠舊部，兩廣事變後接替陳職掌廣東軍政。

第四兵團司令 沈發藻，江西大庾人，黃埔軍校第二期、陸軍大學第四期畢業。

第二十三軍（中央軍）軍長 劉仲荻，江西龍南人，日本千葉陸軍步兵學校、意大利熱那亞軍事學院畢業。

第七十軍（中央軍，原何鍵派湘軍）軍長 唐化南，湖南零陵人，黃埔軍校第四期、陸軍大學第十期畢業。

第十二兵團司令 胡琏，陝西華縣人，黃埔軍校第四期，土木系將領。

第十八軍（中央軍）軍長 高魁元，山東峄縣人，黃埔軍校第四期畢業。

第十九軍（中央軍）軍長 劉雲瀚，江西大庾人，中央陸軍軍官學校第七期畢業。

第六十七軍（中央軍）軍長 劉廉一，湖南長沙人，黃埔軍校第六期、陸軍大學正則班第十六期畢業。

第二十一兵團司令 劉安祺，山東峄縣人，黃埔軍校第三期畢業。

第三十二軍（中央軍，原商震派晉軍）軍長 趙琳，山東泰安人，黃埔軍校第三期畢業。

第三十九軍（中央軍）軍長 程鵬，貴州織金人。

第五十軍（中央軍）軍長 胡家骥，湖南湘鄉人，黃埔軍校第五期畢業。

海南特區警備總司令 陳濟棠，廣東防城（今屬廣西）人，廣東陸軍速成學校畢業，原陳濟棠派粵軍首領，兩廣事變後失勢。

第六十四軍（粵軍）軍長 容有略，廣東中山人，黃埔軍校第一期畢業。

第六十二軍（粵軍）軍長 李宏達，廣東五華人，黃埔軍校第六期、中央訓練團高等教育班畢業。

第六十三軍（粵軍）軍長 劉棟材，廣東蕉嶺人，廣東黃埔陸軍速成學校、陸軍大學將校班第三期畢業。

第一零九軍（中央軍）軍長 鄧春華，廣東瓊州（今屬海南）人，廣東法政專門學校、黃埔軍校第一期畢業。