董福祥原本是甘肅固原（今屬甯夏）、安化（今甘肅慶陽）一帶的漢人民團首領，擁衆十余萬（一說30萬），以花馬池（今甯夏鹽池）爲據點，既與清軍爲敵，也與回民暴動軍作戰，有時還沖州撞府，順便打家劫舍，帶些土匪性質， 其勢力範圍逐漸拓展至陝、甘十幾個州縣。
後董福祥被左宗棠麾下悍將劉松山擊敗，遂率部向左宗棠投降 ，被收編爲董字三營。後隨劉松山、劉錦棠叔侄轉戰陝西、甘肅、西甯（今青海）等地，與回民暴動軍作戰，積功升爲提督；1875年，左宗棠率軍擡棺西征時，又隨劉錦棠進入新疆，參與過收複烏魯木齊等地及平定南疆阿古柏、白彥虎陝西回軍殘余勢力騷亂的一系列戰役，立有顯赫戰功，得到左宗棠賞識、器重，被任爲喀什噶爾提督，率部駐守喀什。
1895年，董福祥奉命率其麾下甘軍離疆至甘肅鎮壓河州、狄道（今甘肅臨夏、臨洮）回民起事。因河狄回民軍規模越來越大，對清廷在甘肅的統治極具威脅，清廷將剿除希望寄托在董福祥的身上，任他爲“督辦甘肅軍務”，要求“陝甘提鎮歸其調遣”。
董福祥曾在同治年間與甘肅回民軍交過手，之後隨左宗棠、劉錦棠西征大軍入新疆，收複北疆以及南疆大部後，著功官至喀什噶爾提督。1895年春，董福祥奉命率部入京，當年8月即統帶馬步（騎兵、步兵）30營甘軍返回甘肅。9月，董福祥部進抵安定（今甘肅定西） ，他與當地官員商定了剿滅河狄“回匪”的戰略部署：一路爲董氏甘軍，自安定“進規河州”，從東往西節節推進；另一路爲已經開至蘭州的守備牛師韓所部7營淮軍，直撲平戎堡；第三路爲省軍統領陳宗藩、李良穆、王正坤率14營步騎，于永靖白塔寺配合董部向河州進攻，計劃于1895年11月26日會師河州，然後，向西甯河湟回軍發起總攻。
董福祥的甘軍進京時已 “鳥槍換炮”，全部裝備了“最新式西洋大炮”和當時最精良的德國造毛瑟槍。憑借這些采購自德國的利器，甘軍于10月底開始進攻狄道回軍重要據點康家崖。相對于器械精良的甘軍，回軍火炮槍械質量低劣，作戰失利，“（被甘軍）陣斃三千余人”，康家崖寨堡失陷。
攻陷康家崖後，董福祥揮軍渡過洮河， 開始猛攻另一處重要回堡三甲集，破堡後于12月4日抵達河州，擊敗圍城回民軍，解河州之圍。原計劃配合甘軍攻打河州的省軍因途中遭回民軍阻擊，沒能如期抵達協攻。董福祥部甘軍之所以能迅速抵達河州城下，主要是他麾下的回族裨將馬安良沿途遊說、招降，致使好幾處把守關隘回民軍頭目不戰而降——
“用其部下偏裨回目馬安良從中關說，招使投降”。《方略》
大開殺戒甘軍開至河州後，董福祥“每日出隊搜輯”，派兵四處搜查，將馬永琳、馬顯文、周世祥、闵伏英、馬古祿、馬匡匡等400多位回軍頭目捕殺，都是被處以淩遲肢解酷刑，並懸首示衆。
爲了順利向西甯進發，清廷調集了更多兵力。11月，甯夏鎮牛師韓部直撲平戎驿，擊退回民軍，解了李培榮部之圍，鑿通了去西甯的道路。
1896年1月8日，陝西巡撫魏光焘率軍抵達西甯。蘭州道陶模亦派副將趙有正率軍從甘州直趨北大通。——
“總計各處客軍七、八十營，接踵來甘（肅）” 。《方略》
這樣，清軍兵力已遠超西甯回民軍，占從力量對比上看據絕對優勢。
血戰西甯就在各路清軍大舉向西甯進發時，董福祥命其右軍領軍副將何得彪，左軍統領副將張新銘 ，各率所部，從河州大河家繞道進入碾伯，突然進攻米剌溝、巴暖營等回軍要塞。董率甘軍主力于1月13日也開到西甯。
盡管清軍強大，河湟回民軍仍然頑強抵抗，浴血拼殺。1月15日至21日，甘軍右軍何得彪部圍攻西甯南川申中堡等回軍要塞。回軍據險死守，拼命抵抗，激戰中一枚子彈擊中何得彪的大腿 ，致使他“血流至胫（小腿）”，幸被左右救回。清軍畢竟人多勢衆，火力凶猛，遂將南川各堡一一攻破，但也受到巨大損失，將士死傷慘重，屍橫遍野。牛師韓的豫凱軍圍攻哆吧堡，回軍在馬大頭三三的率領下頑強抗擊，重創牛部，幾遭團滅，“一敗不可複振”。
3月，甘軍左軍統領副將張新銘率部不計血本將哆吧堡攻下，將突圍不及的回民守軍圍殺殆盡。董福祥又派道員張成基會同何得彪，率8營甘勇進攻北川後子河，回民軍來了個反包圍，並展開圍攻，多虧鄧增率部來援，擊退回軍，將後子河堡寨攻陷。
大通回軍也與大舉襲來的清軍激戰，最終力戰不支，兵敗失利。史載，清總兵趙有正率部進攻大通時，回民軍“傾城而出”，將趙部“圍困月余”。回軍晝夜不停圍攻，趙有正部傷亡慘重，幾次突圍均告失敗。3月下旬，陶模派候補道員潘效蘇、副將焦大聚聯合張新銘部一同赴援，這才救出趙有正，旋即攻陷北大通。
格殺勿論董福祥在圍剿西甯地區回民軍的過程中，一改過去楊嶽斌、左宗棠等人“剿撫兼施”的手段， “一意主剿”，對回民暴動軍大肆殺戮，對陣的殺，投降的也殺。史載，甘軍副將何得彪殺到西甯後，有南川數千回衆“手執良民旗幟” ，蜂擁來到府城，表示“就撫”。何得彪爲了立功受賞，隨即“率所部出城迎擊”，青海辦事大臣奎順見回衆手舉白旗，極力勸阻，卻“力阻不聽”，使千余前來歸降的回民遭到槍擊死難。後子河一戰，何得彪縱兵殺戮回衆“逾萬”——
“槍斃及墜澗落崖死者複數千......”。《征西紀略》
《甘甯青史略正編》記載，清軍進攻哆吧堡屢遭失敗，損兵折將，傷亡頗重，後董福祥派張銘新部前往增援，攻下哆吧堡後在上五莊等回民聚落對回民軍殘部進行了血腥報複，張銘新、何得彪等縱兵燒殺搶掠——
“（ 對幸存的）老弱孤寡之回，家搜戶索，銀錢糧草擄掠一空，無衣無食，雖生猶死”。
對此慘景，讀書人出身的蘭州道陶模也很不落忍，他在寫給左宗棠的信中說 ：
“董帥移節西甯，肆行殺戮，所部弁勇，任意淫擄，慘不忍言”。
甘軍屠戮焚劫西甯的事清廷也有所風聞，遂發出上谕：
“聞得何得彪四營到湟後，有恣意焚殺之事，著董福祥查明具奏”。
何得彪縱兵燒殺搶掠，董福祥是默許的，身爲主將，他同樣也擔著罪責，他當然不會去“查明具奏”，而是極力遮掩庇護。他自己也是這樣幹的 。據記載，董福祥率甘軍主力抵達西甯後，立刻“以辦河州之法辦西甯匪首”，派兵挨村挨戶搜查“漏網之魚”，前後共捕殺回軍大小頭目500多人，韓文秀、馬成林、麻治諸、包良、韓成基、馬大頭三三等出名回首均慘遭淩遲處死。西北回漢矛盾由來已久，彼此相互襲殺，積怨甚深，甘軍以漢人爲主，這種濫殺自然帶有報複性質。
西甯府屬河湟地區的回民暴動遭到失敗。但回民、撒拉族民衆仍不服輸。3月中旬，撒拉、回軍殘部輾轉來到青海柴達木盆地，在哈利蓋灘伏擊“蒙番（蒙古族）”兵勇，擊斃哈利蓋貝子（貝勒，世襲貴胄）納木希裏。
董福祥知道後急派騎兵跟蹤追擊，“並由奎順饬青海蒙番各兵合力堵擊”，回軍殘部戰敗，幾乎死傷殆盡。另一路回軍殘余由劉四伏率領，在玉門、安西、敦煌等處遊走、轉戰，一時間關內關外警報頻傳。
鄧增、潘效蘇以及新軍（清廷編練的新式陸軍）提督牛允誠等部奉命圍追堵截，劉四伏兵敗後率余部輾轉進入新疆，“由色爾騰海西遁大漠” 。同年8月18日，新疆巡撫饒應祺派馬隊馳至羅布淖爾（羅布泊）東南的和爾昂地方設伏，擊潰入彊回軍殘部，生擒劉四伏等頭目，旋即將他們押送至蘭州淩遲處死。這支河湟回軍殘部除被打死、被俘者外，還有約萬余人潰圍流散到新疆各地。到當年10月，其余活動于甘州南山的零星回衆殘余武裝被清軍徹底“肅清”，西甯回民暴動軍最後失敗。
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