馬占鳌，河州（今甘肅臨夏回族自治州）漠泥溝何家莊人，華寺門宦著名阿訇（主持教務，傳授經典的人）。馬占鳌早年在本鄉清真寺中念經，青年時代到西安大學習巷清真寺求學，畢業（回民稱“穿衣”）後回河州本籍作阿訇。《方略》記載說，馬占鳌機警而有智略，“敢作敢爲，得到教下（教衆）的信仰”。他的家族善于經商，富甲一方，他本人則心懷仁慈，曾勸其叔父不要放高利貸盤剝窮人，牟取暴利，並說服其叔燒掉窮人借貸的單據，“得到多數窮苦人的好感” 。後來他和其長子馬耀邦通過經商積累了不少財富，“以赀雄于鄉” ，成爲河州府西鄉“回民中聲望卓著之人”。

同治二年（1863），河州、狄道州、金縣等地爆發回民起義，大舉圍攻狄道州城，與守城團練激戰。因回民軍人多勢衆，團練武裝抵擋不住，城池岌岌可危，署知州屠旭初、都司陸陞咬破指頭寫血書求援，甘肅布政使恩麟派肅州道豫師率鄒占先部1000清軍馳援，被回民軍阻截于新營，被圍困了百余日，而始終無法突圍，後恩麟派兵解圍。

1863年10月8日夜，一股回民軍敢死隊在馬大漢的帶領下猛攻狄道城南門，旋即登城而入，殺散守兵後開門放大隊人馬沖入，城中到處響起了刺耳的槍聲與喊殺聲。署知州屠旭初帶人在衙門裏負隅頑抗，被回民軍爬上房頂抛石砸死；都司陸陞右臂被子彈擊傷，見士兵死傷潰逃殆盡，心知大勢已去，遂獨自進入貯藏火藥的倉庫，盤腿坐在火藥籠上，點燃引信後片刻 即轟然粉身碎骨。

1864年元旦，回民暴動軍突入河州，旋即展開圍攻； 河州清軍早有准備，槍炮齊發，擊死擊傷攻城回軍300余人，見一時難以攻克，回民軍隨即後撤。參加暴動的各門宦雖有各自的教主爲頭領，但令出多門，無法做到統一指揮，急需有統一的領導，于是他們共推頗具威望、素能服衆的華寺門宦大阿訇馬占鳌爲主帥。

馬占鳌被各路回軍推爲統帥後，自稱“都招討”。他召集各大小頭領，宣布軍紀和進軍計劃：“宜聯絡漢人，使渠照常耕種”。同時鑿通河湟通道，與西甯回軍首領馬桂源取得聯絡，相互配合攻取河西各州府縣，重中之重是攻取河州城，作爲河州、狄道回民軍的根據地。

1864年1月，馬占鳌統帥回軍猛攻河州城。激戰中，他身先士卒，奮勇爭先，帶頭攀上城牆，但被清軍亂槍擊退。在這次攻城中，馬占鳌的親弟弟被清軍抓獲，旋即被架在火堆上活活燒死。馬占鳌悲憤不已，發誓“要把河州拿下來”，經長期圍困，終于在1864年10月31日一舉攻克河州，入城後回軍大肆搜殺清軍，殺清軍將領守備郭升等，未及逃脫的兵勇亦被斬殺殆盡。據記載，馬占鳌爲發泄殺弟之仇，縱兵燒殺搶掠，共有10000多河州紳民遇害。在河州一帶，回漢積怨甚深，盲目仇殺的現象長期存在，報複性殺戮情緒一旦失控，就連回軍首領都難以約束。

回民軍攻克河州府城後，蘭州戒嚴，護督恩麟下令加固城防，修葺堡壘、挖掘壕溝，並調集兵馬加強防守。 恩麟見回衆勢大，在嚴防死守的同時采取所謂“羁縻” 之策，好幾次派員到河州與馬占鳌等回首談判議和。馬占鳌等虛與應付，在談判的同時揮軍向東、北、南3個方向進擊，以擴大戰略生存空間。

河狄以東的鞏昌府（今甘肅隴西）是回民軍攻打的重要目標。1864年8月，馬占鳌第二次督軍從隴西南路猛攻鞏昌府城。清軍遊擊周勝率部聯合當地團練武裝2000余人緊急入援，被回軍設伏阻擊，旋即遭到團滅，無一生還。但鞏昌府城池堅固，守軍頑強抵抗，府城久攻不克，回軍還折損了不少弟兄。

10月，另一支河狄回民軍夜襲金縣，守軍猝不及防，縣城被一舉攻破，知縣蔡同和把總牛文海皆被擒斬。

1865年3月，河州回軍猛攻安定縣（今定西），請提督李助發帶領12營清軍將是您以及部分團勇晝夜防守，拼死抵抗。3月30日，回軍先用“劈山炮”轟擊，再架雲梯奮死登城，部分勇敢敏捷之兵登上了城頭，旋即接應大隊人馬入城，混戰中，知縣多齡被殺，提督李助發趁亂突圍而走。

1866年，河狄回軍2000余衆趁鞏昌府城內守軍久戰疲憊，疏于防範之機，從城東南角攀登而上，襲殺巡城更夫後，出其不意地沖入內城。經殘酷而激烈的巷戰後，回軍將副將喻正祥部清軍圍殺一空；鞏昌知府王錫齡耳聽外面的喊殺聲逐漸停息，心知大勢已去，遂換上朝服端坐大堂上吞槍自殺，隴西知縣孟中瀛隨後自缢而死。自1864年以來，河狄回民軍曾先後10幾次攻打該城而未下，死傷者甚衆，至此終于攻克。但僅僅幾天後，鞏昌府城又被清軍總兵傅先宗率軍奪回......

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