勝保被清廷“賜令自盡”後，清廷再派荊州將軍多隆阿統帶27營（約1.3萬人）滿漢大軍，由湖北開赴陝西，屯駐同州府（今陝西渭南大荔縣）。

多隆阿，滿洲正白旗人。字禮堂。呼爾拉特氏。多隆阿目不識丁，卻剽悍善戰 ，所部黑龍江馬隊是八旗勁旅，以能打硬仗著稱。1853年，多隆阿率部隨勝保圍堵太平天國北伐軍，曾圍攻連鎮、馮官屯，立有戰功。1855年隨將軍都興阿入湖北，後轉戰安徽，與太平軍陳玉成部鏖戰于安慶附近，積功加副都統銜，充任行營翼長。挂車河一戰，多隆阿以數千索倫鐵騎橫擊陳玉成、孫葵心10萬太平、撚子聯軍，將其牢牢阻擊于挂車河一線， 使其無法迅速馳援安慶，爲曾國荃打下安慶贏得了寶貴時間。

1861年升任正紅旗蒙古都統，擢拔荊州將軍，率黑龍江馬隊進攻廬州，配合湘軍作戰。1862年，湘軍攻陷廬州後，奉命接替勝保幫辦陝西軍務，率27營軍隊西征剿回。多隆阿不識字，不會漢話，蔑視漢人，但作戰異常骁勇，自他率軍入陝後到1863年5月，不斷向渭南、大荔、華州、華陰的回民軍發動進攻，先後攻克羌白鎮、王閣村、龐古莊、來化鎮、喬點、孝義鎮、倉渡鎮、秦家村等回軍據點，搗毀堡寨，屠殺回民。據記載，他曾上奏朝廷表功：

“前後斃賊目十余名，斬馘悍賊一萬數千名......官軍陣亡三百余名，傷者千余” 。

1862年7月22日，多隆阿來到西安， 揮軍攻打盤踞關中平原中部的回族暴動軍。他兵分兩路，一路從高陵往攻普陀塬，于10月中旬攻入高陵城，旋即向泾陽、三原攻去；另一路自西安攻擊鹹陽。在此之前，提督雷正绾已經率部攻占了鹹陽張家堡、藥王洞、海家村、古家村，正與回軍主力對峙、相持。到多隆阿部展開行動後，雷正绾又督軍一鼓作氣攻破永樂店、塔底兩座回民堡寨。擊敗東路回軍後，多隆阿率軍西上，關中中部回軍以及由東部潰敗下來的回軍殘部，便聚集在鹹陽境內的泾河以南、渭水以北的數十座回族村寨中，與清軍展開大規模的生死血戰。

10月22日，雷正绾率部渡過泾河，扼守西路， 總兵曹克忠部馳援鹹陽，多隆阿則督軍搭設浮橋，大軍渡過渭河，旋即向回民塢堡發起猛烈攻擊。

回軍步騎在洪興、郝明堂、孫玉寶、白彥虎、馬生彥等頭目的領導指揮下，“綿亘十余裏，列隊抗拒 ”，與清軍惡戰一番後，又退入塢堡中固守，接著你來我往，幾乎無日不戰，浴血拼殺。多隆阿憑借其優良的裝備和豐富的作戰經驗，以及優勢兵力，接連攻克了高陽堡、穆家寨、蕭城、鈕家堡、章家溝，直逼蘇家溝大堡。回軍雖然裝備處于絕對劣勢，但仍在這裏頑強抵抗，終遭失敗，死傷慘重。清軍趁勢又攻克了馮家園子、西穆家寨，直撲渭城而去。

渭城是回民軍較大的根據地，城牆堅固，城外挖有護城壕 ，密布木柵、拒馬等防禦設施。多隆阿督軍奮死猛攻，回軍在城上槍炮齊發，紛紛抛下滾木擂石，清軍死傷甚重，城牆下屍積如山，血流漂杵。多隆阿不顧傷亡，依舊揮軍猛攻，回軍雖然頑強，但沒有外援，孤城難守，在清軍不要命的進攻下，渭城終告淪陷。清軍入城後，大肆燒殺搶掠，城中遍地屍骸，民舍、商鋪慘遭焚劫，成爲一片廢墟。據多隆阿奏報說：

“統計是日（10月22日）殺賊不下一萬七八千人，奪獲牛馬器械不可勝計，實爲近年第一血戰” 。

多隆阿雖有誇大戰功之嫌，但他確實在破城後縱兵濫殺無辜，據記載，兩萬多回民軍突圍出來的僅千余人。

清軍攻克渭城後，又乘勝攻取了白起營、馬家堡等回軍堡寨，泾陽、三原、富平等州縣也相繼被清軍攻占。關中平原中部各重要據點全部失去，回軍殘部大都轉移到西府鳳翔一帶。

11月，多隆阿派總兵陶茂林率部進至鳳翔府，被回民軍圍困了460多天的西府首善大城遂得解圍。關中回民遭到屠殺，幸存者背井離鄉，外出乞食，不久疫病流行，生活無著，餓死、病死者相望于道。多隆阿西進剿回取得不小的勝果，一時間聲名大噪。

彼時四川、雲南一帶的藍大順農民起義軍兵敗潰入陝西，占據盩厔（今陝西周至） 後聲勢複振，威脅西安。1864年春，朝廷派多隆阿率軍征剿藍大順，他親自督戰，揮軍圍攻盩厔，激戰中被城頭農軍用鳥铳擊傷頭部，5月18日傷重而死。

多隆阿擅長指揮馬隊沖鋒作戰，在同治中興時期和湘軍第一 悍將鮑超齊名而稍有過之，在軍中素有“多龍鮑虎” 之美譽。

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